Une équipe de chercheurs basée à Casablanca a mené à bien une étude de surveillance génomique sur quatre ans, offrant un nouvel éclairage sur l’évolution du SARS-CoV-2, le virus à l’origine du COVID-19, au Maroc. Publiée en août dans la revue Nature, cette étude révèle que l’épidémie au Maroc suit les tendances mondiales des variants, tout en soulignant le rôle du pays en tant que carrefour régional de transmission.
Entre 2021 et 2024, les scientifiques ont séquencé 235 échantillons de patients atteints de COVID-19 à travers le Royaume. Leur analyse a permis d’identifier trois phases distinctes : la co-circulation des variants Alpha et Delta en 2021, la domination complète d’Omicron à partir de 2022, et l’émergence des sous-lignées Omicron hautement mutées JN.1.1 et JN.1.45 en 2023-2024. Ces souches présentaient jusqu’à 89 substitutions d’acides aminés et 17 délétions, les classant parmi les lignées les plus échappant au système immunitaire jamais enregistrées.
L’étude a également révélé des résultats démographiques clés : près de 80 % des patients étaient symptomatiques, la majorité ayant entre 20 et 40 ans, et les infections par Delta se sont avérées généralement plus sévères que celles causées par Alpha ou Omicron.
L’analyse phylogénétique a intégré l’épidémie marocaine dans un contexte mondial plus large, mettant en lumière de nombreux échanges viraux bidirectionnels, notamment lors de la vague Omicron. Cela positionne le Maroc à la fois comme récepteur et exportateur de variants, reflétant son rôle géographique de carrefour entre l’Afrique et l’Europe.
Les chercheurs ont conclu en soulignant l’importance cruciale de la surveillance génomique continue pour adapter les vaccins, renforcer la réponse aux épidémies et anticiper les menaces émergentes. Ils ont également appelé à un investissement accru dans la capacité de séquençage, une collaboration régionale renforcée, et la création de réseaux de partage de données à travers l’Afrique du Nord.